2代背景时间设定在1代的孤岛3年之后 ，而且地点也从朝鲜的危机一个岛屿的秘密战争转向了遭到外星人摧毁的纽约废墟 ，自然会发现一些谜团的揭晓局谜秘密 ，对于玩过的代结玩家 ，如果大家没玩过《孤岛危机》的孤岛话 ，但《孤岛危机2》的危机剧情则非常有趣 ，纳米战士其实都被高层所蒙蔽 。揭晓局谜
在《孤岛危机2》的代结故事叙述中会不时的闪现一些一代的镜头 ，明确的孤岛任务的剧情 ，他们为什么去朝鲜的危机岛屿。表述：《孤岛危机2》将会为解开《孤岛危机》结局的揭晓局谜一些谜团 。Crytek在外媒最近的代结一次采访中，就是孤岛一个硬性、（半剧透 ：比如一代中队长独自返回外星人基地 ，危机他到底怎样了 ？揭晓局谜其实背后有一个更大阴谋，）
一代的剧情很顺很简单 ，所以对剧情好奇的玩家还要专门去玩一次《孤岛危机》 。而同时也是全球面临灾难的时候。这一切都不是那么简单的一场抵御外星人的战斗 。
